El Programa de Doctorado en Filosofía es impartido por el Instituto de Investigaciones Filosóficas y la Facultad de Filosofía. Cuenta con un Núcleo Académico Básico de once profesores de tiempo completo especializándose en las siguientes líneas de investigación (LGAC):
- Filosofía de la cultura
- Historia de la filosofía
- Filosofía de las ciencias sociales y humanas
Pertenece al Programa Nacional de Posgrados de Calidad del CONACyT.